• Règles générales
• Stérilisation des milieux et du matériel

• Règles générales

• Les paillasses sont nettoyées avec un chiffon imbibé d'eau de Javel préalablement à l'installation du poste de travail. L'eau de Javel est préparée extemporanément à partir d'un berlingot du commerce à raison de 250 mL d'eau de Javel  du commerce dans 750 mL d'eau.
  
• Les postes de travail sont organisés autour d'un bec Bunsen ou d'une lampe à alcool (technique mise au point par L. Pasteur). La flamme doit rester allumée en permanence : de cette façon, les microorganismes de l'atmosphère sont entraînés vers le haut par le courant d'air chaud et ne risquent pas de se déposer sur le matériel utilisé. La flamme est également utilisée pour stériliser les instruments.
• Tout le matériel est disposé autour de la flamme dans un cercle d'une vingtaine de cm de rayon.
• Avant toute manipulation, il est conseillé de se laver soigneusement les mains en utilisant une brosse à ongles puis de les passer à l'alcool à 70° et de les laisser sécher. Au cours des manipulations, il faut éviter de parler et de faire des mouvements brusques provoquant des courants d'air pour ne pas projeter de microorganismes.
• Aprés les manipulations : décontaminer tout le matériel en l'immergeant dans l'eau de Javel pendant 1 heure.
• De nombreuses manipulations nécessitent le prélèvement de microorganismes à partir de cultures sur boîte de Petri ou en milieu liquide. L'instrument le mieux adapté est l'ensemenceur (synonymes : anse, öse) formé d'un manche portant un fil métallique (platine ou nickel-chrome) dont l'extrêmité est fermée en boucle (voir figure ci-contre). Le volume de liquide contenu dans la boucle est connu et dépend du type d'ensemenceur.
• Avant chaque prélèvement, le fil est stérilisé par passage dans la flamme et doit être utilisé après refroidissement pour ne pas "cuire" les microorganismes.

• Stérilisation des milieux et du matériel

Typiquement, la verrerie, les milieux et les divers matériels utilisés doivent être stérilisés à l'autoclave à 120°C pendant 20 minutes mais des solutions existent au cas où manquerait cet appareil dans le laboratoire.

• Autocuiseur ("Cocotte-minute")
• Mettre de l'eau au fond de l’autocuiseur sur 1 à 2 cm de hauteur. Disposer le matériel à stériliser dans le panier pour cuisson à la vapeur. Envelopper le petit matériel (tubes, pipettes, boîtes de Pétri) dans du papier d'aluminium.
• Les flacons ne doivent pas être hermétiquement bouchés : poser simplement le bouchon sans le visser pour ceux munis d’un pas de vis. Pour les autres, faire un capuchon en papier d'aluminium.
• Fermer la cocotte, chauffer jusqu’à mise en rotation de la soupape et compter vingt minutes après la mise en rotation de la soupape.
• Le matériel stérilisé peut être stocké dans un placard et les milieux peuvent être stérilisés à l'avance et conservés hermétiquement fermés au réfrigérateur.
• Au moment de leur utilisation, les milieux solides sont refondus au four à microondes en surveillant pour éviter les projections.
• Si un milieu solide conservé au réfrigérateur a besoin d'être supplémenté, l'addition des suppléments doit être faite après la refonte. Il en est de même pour l'addition d'antibiotiques.
• Tous les milieux peuvent être stérilisés par la chaleur humide (autoclave ou autocuiseur) mais lorsque le milieu doit être supplémenté en diverses substances (vitamines, acides aminés, antibiotiques), il est plus simple de stériliser les petits volumes de suppléments par passage à travers un filtre millipore (pores de 0,22 µm). Le filtrat peut être conservé dans un tube stérile au réfrigérateur.

•  Four à micro-ondes
• En plus de son utilisation pour refondre les milieux solides conservés au froid, le four à microondes peut également être utilisé pour la stérilisation de la verrerie et des milieux.
• La verrerie doit être placée pendant une quinzaine de minutes au four à microondes réglé à la puissance maximale. Les milieux sont aussi passés à la puissance maximale pendant une quinzaine de minutes. Pour cela, les flacons doivent être d'un volume très supérieur à celui des milieux à stériliser et ne doivent pas être bouchés. Préparer des bouchons de coton cardé et les placer au four en même temps que les flacons.
• Une surveillance doit être exercée pendant tout le processus de façon à ne pas laisser se projeter le milieu en raison d'une ébullition trop violente : dès que le liquide commence à bouillonner, baisser la puissance pour éviter les projections. Placer les bouchons de coton sur les flacons dès l'ouverture du four.
• Ne pas oublier que les métaux ne doivent pas être mis dans un four à micro-ondes. En conséquence, il ne faut pas utiliser de papier d'aluminium.
• Les stérilisateurs pour biberon constituent une solution simple d'utilisation et très bon marché pour résoudre le problème de la stérilisation. On en trouve dans toutes les grandes surfaces.

• Matériels à usage unique
• La plupart des matériels existent sous une forme préstérilisée à usage unique. C'est le cas des ensemenceurs et des étaleurs, des boîtes de Pétri, des pipettes, de l’eau et des tubes de microbiologie etc., c’est à dire des principaux éléments utilisés pour cultiver les microorganismes.
• Quoique de prix de revient sensiblement plus élevé que le matériel réutilisable, ils sont beaucoup plus pratiques.
• On peut également utiliser des cure-dent stériles, plats, pour réaliser les transferts de colonies.
• Il existe aussi des milieux stériles, prêts à l'emploi, soit sous forme déshydratée, soit précoulés en boîte de Pétri.